Le sol contient une densité et une diversité d'espèces extrêmement élevées. Chacune est importante et fait partie de l'immense et complexe écosystème de la vie du sol au travers de leurs interactions permanentes, entre elles et les constituants du sol. Les services rendus à l'agriculture par cette vie micro biologique sont d'une part la transformation et dégradation des résidus végétaux et d'autre part assurer l'assimilation des éléments nutritifs par l'intermédiaire de la rhizosphère.

La micro faune Les micro-arthropodes (<1 mm) Composés essentiellement de collemboles (insectes) et d'acariens (arachnidés), ils se nourrissent de matières organiques en décomposition, de champignons, de bactéries et d'algues, de déjections ou de proies vivantes. Ils contribuent à la réduction des résidus végétaux par broyage en tous petits morceaux. Les protozoaires ( environ 0,2 mm) Composés de ciliés, flagellés ou amibes, ce sont des animaux unicellulaires qui abondent en surface (300 à 350 kg/ha) dans les milieux riches en matières organiques. Ils sont surtout prédateurs de bactéries issues de la décomposition des résidus végétaux. Les nématodes (0.1 à 5 mm) Ce sont de petits vers ronds dont beaucoup d'espèces parasitent les racines des cultures en deviennent donc des ravageurs à combattre. Un ennemi naturel de ces nématodes sont les hyphes mycéliens. Ils existent également des espèces prédatrices de nématodes. La micro flore Les algues (environ 0,2 mm) Présent surtout en surface (0 à 2 cm), leurs caractéristiques autotrophes leurs donnent des capacités de fixation des nitrates, évitant donc leur lessivage. Les mycéliums (longueur des hyphes de 50 à 250 m) Certain d'entre eux sont de dangereux parasites ( fusariose,...), mais la plupart de ces champignons mal connus sont essentiels pour le sol et les plantes : Les mycorhizes : symbiose entre les champignons et les plantes hôtes pour en favoriser la nutrition et la croissance La décomposition : ils transforment les chaînes carbonatées complexe de la matière organique fraîche Auxiliaire de culture en étant prédateur des nématodes

Les champignons représentent 59 % de la biomasse vivante du sol, seul une infime partie est visible en surface.

• Les actinomycètes

  De type unicellulaire, ils s'attaquent à la lignine et dégradent l'humus stable pour en libérer l'azote pour les plantes.

• Les bactéries ou microbes (0.001 à 0.05 mm)

  De type unicellulaire, ils se nourrissent de matière organique. ils en existent une multitudes d'espèces que nous pouvons classer en type aérobies (ont besoin d'oxygène) qui sont très utiles pour le sol par leur participation active à la minéralisation et à l'humification du sol et en type anaérobies (pas d'oxygène) qui sont nuisibles pour le sol. Elles représentent environ 25 % de la biomasse du sol.

L'activité biologique consiste en la décomposition des résidus de récolte, la minéralisation de la matière organique, la dénitrification. Cette activité biologique contribue très fortement à créer une structure du sol favorable.